Я думаю, что .statement, возможно, выполнит трюк: http://docs.sqlalchemy.org/en/latest/orm/query.html?highlight=query
>>> local_session.query(sqlalchemy_declarative.SomeTable.text).statement
>>> x=local_session.query(sqlalchemy_declarative.SomeTable.text).statement
>>> print(x)
SELECT sometable.text
FROM sometable