Syncdb / migrate South создает страницы вывода?

Я работаю над небольшим личным проектом Django и добавил Юг (последний ртутный как от 10/9/10) к моему проекту.

Однако всякий раз, когда я запускаю "./manage.py syncdb" или "./manage.py migrate", я получаю около 13 страниц (по 40 строк каждая), относящихся исключительно к Файлы 'initial_data' не найдены. У меня нет начальных_данных, и я действительно не хочу их, но я сделал более 200 попыток их чтения для всех различных приложений в моем проекте, включая собственные приложения django.

Есть ли способ успокоить Юг? Я не вводил South никаких данных, кроме добавления его в свой кортеж INSTALLED_APPS и запуска начальной миграции, но я получил этот раздражающий вывод с тех пор, как установил его.

#!/usr/bin/env python

import sys, os, time, bz2, locale

def main(*args):
    # Constants
    global metadataRequiredFileSize
    metadataRequiredFileSize = 8192
    requiredVersion = (2,5)

    # Prep
    global whichChromosome
    whichChromosome = "all"
    checkInstallation(requiredVersion)
    checkCommandLineInputs()
    extractMetadata()
    parseMetadata()
    if whichChromosome == "--list":
        listMetadata()
        sys.exit(0)

    # Extract
    extractData()   
    return 0

def checkInstallation(rv):
    currentVersion = sys.version_info
    if currentVersion[0] == rv[0] and currentVersion[1] >= rv[1]:
        pass
    else:
        sys.stderr.write( "\n\t[%s] - Error: Your Python interpreter must be %d.%d or greater (within major version %d)\n" % (sys.argv[0], rv[0], rv[1], rv[0]) )
        sys.exit(-1)
    return

def checkCommandLineInputs():
    cmdName = sys.argv[0]
    argvLength = len(sys.argv[1:])
    if (argvLength == 0) or (argvLength > 2):
        sys.stderr.write( "\n\t[%s] - Usage: %s [<chromosome> | --list] <bjarch-file>\n\n" % (cmdName, cmdName) )
        sys.exit(-1)
    else:   
        global inFile
        global whichChromosome
        if argvLength == 1:
            inFile = sys.argv[1]
        elif argvLength == 2:
            whichChromosome = sys.argv[1]
            inFile = sys.argv[2]
        if inFile == "-" or inFile == "--list":
            sys.stderr.write( "\n\t[%s] - Usage: %s [<chromosome> | --list] <bjarch-file>\n\n" % (cmdName, cmdName) )
            sys.exit(-1)
    return

def extractMetadata():
    global metadataList
    global dataHandle
    metadataList = []
    dataHandle = open(inFile, 'rb')
    try:
        for data in dataHandle.readlines(metadataRequiredFileSize):     
            metadataLine = data
            metadataLines = metadataLine.split('\n')
            for line in metadataLines:      
                if line:
                    metadataList.append(line)
    except IOError:
        sys.stderr.write( "\n\t[%s] - Error: Could not extract metadata from %s\n\n" % (sys.argv[0], inFile) )
        sys.exit(-1)
    return

def parseMetadata():
    global metadataList
    global metadata
    metadata = []
    if not metadataList: # equivalent to "if len(metadataList) > 0"
        sys.stderr.write( "\n\t[%s] - Error: No metadata in %s\n\n" % (sys.argv[0], inFile) )
        sys.exit(-1)
    for entryText in metadataList:
        if entryText: # equivalent to "if len(entryText) > 0"
            entry = entryText.split('\t')
            filename = entry[0]
            chromosome = entry[0].split('.')[0]
            size = entry[1]
            entryDict = { 'chromosome':chromosome, 'filename':filename, 'size':size }
            metadata.append(entryDict)
    return

def listMetadata():
    for index in metadata:
        chromosome = index['chromosome']
        filename = index['filename']
        size = long(index['size'])
        sys.stdout.write( "%s\t%s\t%ld" % (chromosome, filename, size) )
    return

def extractData():
    global dataHandle
    global pLength
    global lastEnd
    locale.setlocale(locale.LC_ALL, 'POSIX')
    dataHandle.seek(metadataRequiredFileSize, 0) # move cursor past metadata
    for index in metadata:
        chromosome = index['chromosome']
        size = long(index['size'])
        pLength = 0L
        lastEnd = ""
        if whichChromosome == "all" or whichChromosome == index['chromosome']:
            dataStream = dataHandle.read(size)
            uncompressedData = bz2.decompress(dataStream)
            lines = uncompressedData.rstrip().split('\n')
            for line in lines:
                parseJarchLine(chromosome, line)
            if whichChromosome == chromosome:
                break
        else:
            dataHandle.seek(size, 1) # move cursor past chromosome chunk

    dataHandle.close()
    return

def parseJarchLine(chromosome, line):
    global pLength
    global lastEnd
    elements = line.split('\t')
    if len(elements) > 1:
        if lastEnd:
            start = long(lastEnd) + long(elements[0])
            lastEnd = long(start + pLength)
            sys.stdout.write("%s\t%ld\t%ld\t%s\n" % (chromosome, start, lastEnd, '\t'.join(elements[1:])))
        else:
            lastEnd = long(elements[0]) + long(pLength)
            sys.stdout.write("%s\t%ld\t%ld\t%s\n" % (chromosome, long(elements[0]), lastEnd, '\t'.join(elements[1:])))
    else:
        if elements[0].startswith('p'):
            pLength = long(elements[0][1:])
        else:
            start = long(long(lastEnd) + long(elements[0]))
            lastEnd = long(start + pLength)
            sys.stdout.write("%s\t%ld\t%ld\n" % (chromosome, start, lastEnd))               
    return

if __name__ == '__main__':
    sys.exit(main(*sys.argv))

РЕДАКТИРОВАТЬ

Если я закомментирую оператор sys.stdout.write в первом условном выражении parseJarchLine () , то мое время выполнения увеличится с 10,2 до 4,8 секунды:

# with first conditional's "sys.stdout.write" enabled
$ time ./bgchr chrX test.bjarch > /dev/null
real    0m10.186s                                                                                                                                                                                        
user    0m9.917s                                                                                                                                                                                         
sys 0m0.160s  

# after first conditional's "sys.stdout.write" is commented out                                                                                                                                                                                           
$ time ./bgchr chrX test.bjarch > /dev/null
real    0m4.808s                                                                                                                                                                                         
user    0m4.561s                                                                                                                                                                                         
sys 0m0.156s

Неужели запись в stdout в Python так дорого обходится?

12
задан Alex Reynolds 11 October 2010 в 02:37
поделиться