Чтобы заставить это работать с pyenv
на Ubuntu 16.04, мне пришлось:
$ sudo apt-get install python-tk python3-tk tk-dev
Затем установить версию Python, которую я хотел:
$ pyenv install 3.6.2
Тогда Я мог бы импортировать tkinter просто отлично:
import tkinter