Если у вас есть некоторый класс для анимации css3, для exapmle .blink , вы можете удалитьClass для некоторого элемента и addClass для этого элемента think setTimeout с 1 миллисекундой щелчком.
$("#element").click(function(){
$(this).removeClass("blink");
setTimeout(function(){
$(this).addClass("blink);
},1 ///it may be only 1 milisecond, it's enough
});