Да.
Независимо от платформы, на которой работает PHP, сценарии компилируются в один и тот же байт-код и запускаются Zend Engine.
Отличие от Java в том, что этот скомпилированный код обычно не сохраняется в отдельных файлах, а сценарии повторно компилируются при каждом выполнении (однако см. Кеши кодов операций).
Еще одно важное различие между Zend Engine и обычной JVM заключается в том, как они выполняют байткоды:
На самом деле, поведение JVM сложнее. JVM не всегда компилируют нативный код, а когда компилируют, то обычно откладывают JIT-компиляцию до тех пор, пока не решат, что это стоит сделать. До этого они выполняют байткоды напрямую.