Вы можете убить (SIGTERM) процесс Windows, который был запущен с Java, вызвав метод destroy на объекте Process. Вы также можете убить любые дочерние процессы (начиная с Java 9).
Следующий код запускает командный файл, ждет десять секунд, а затем убивает все подпроцессы и, наконец, убивает сам пакетный процесс.
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("cmd /c my_script.bat"));
Process p = pb.start();
p.waitFor(10, TimeUnit.SECONDS);
p.descendants().forEach(ph -> {
ph.destroy();
});
p.destroy();