У меня была та же проблема (проблема удаления «www» из URL-адресов, указывающих на подкаталог в дополнительном домене), но после некоторых проб и ошибок это, похоже, работает для меня:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1%{REQUEST_URI} [R=301,QSA,NC,L]