Параметры командной строки или конфигурационный файл?

Я разрабатываю инструмент, который выполнит несколько типов анализа, и каждый анализ может иметь разные уровни тщательности. Это приложение будет иметь изрядное количество опций, которые будут даны, прежде чем оно запустится. Я начал реализовывать это использование конфигурационного файла, так как количество типов определенного анализа было мало. Поскольку реализованное число вариантов выросло, я создал больше конфигурационных файлов. Затем я начал смешивать некоторые параметры командной строки, так как некоторые опции могли только быть флагами. Теперь, я смешал набор параметров командной строки с конфигурационными файлами и чувствую, что мне нужен рефакторинг.

Мой вопрос, Когда и почему Вы использовали бы параметры командной строки вместо конфигурационных файлов и наоборот?

Это, возможно, связано с языком, который Вы используете, персональное предпочтение, и т.д.?

Править: Я разрабатываю приложение Java, которое будет работать в Windows и Mac. У меня нет GUI на данный момент.