Как запустить упакованное электронное приложение на Linux?

Это правильно. Менеджер компоновки отвечает за настройку расположения компонента на основе правил диспетчера компоновки. Поэтому в вашем случае FlowLayout переопределит местоположение компонента.

Вы никогда не должны жестко указывать местоположение компонента. Что делать, если кто-то использует разрешение менее 1024 X 768? Компонент никогда не будет отображаться.

Вы также никогда не должны устанавливать размер компонента. Каждый компонент имеет предпочтительный размер. В случае метки с изображением предпочтительный размер будет размером изображения.

Читайте в менеджерах макетов и используйте соответствующий менеджер макета или комбинацию менеджеров макета для достижения желаемого макета.