Там какой-либо путь состоит в том, чтобы вынудить graphviz всегда потянуть узлы выше краев, даже если край дистиллируется (или предпочтительно под) узел?
До сих пор я попытался заказать им и различным параметрам слоя, но не нашел путь, который работает.