Не удалось выполнить задачу: app: transformDexArchiveWithExternalLibsDexMergerForDebug флаттер

Да, вам нужно выполнить фиксацию, которую вы можете выполнить на Engine или создать Transaction явно. Также модификаторы указаны в методе values(...), а не execute:

>>> conn.execute(users.update().
...              where(table.c.user=="test").
...              values(email="foo")
...              ) 
>>> my_engine.commit()