В настоящее время я пытаюсь оптимизировать свою программу Python и начал работать с Cython, чтобы уменьшить накладные расходы на вызов функций и, возможно, позже включить оптимизированные функции C-библиотек.
Итак, я столкнулся с первая проблема:
Я использую композицию в моем коде для создания более крупного класса. Пока что я преобразовал один из моих классов Python в Cython (что было достаточно сложно). Вот код:
import numpy as np
cimport numpy as np
ctypedef np.float64_t dtype_t
ctypedef np.complex128_t cplxtype_t
ctypedef Py_ssize_t index_t
cdef class bendingForcesClass(object):
cdef dtype_t bendingRigidity
cdef np.ndarray matrixPrefactor
cdef np.ndarray bendingForces
def __init__(self, dtype_t bendingRigidity, np.ndarray[dtype_t, ndim=2] waveNumbersNorm):
self.bendingRigidity = bendingRigidity
self.matrixPrefactor = -self.bendingRigidity * waveNumbersNorm ** 2
cpdef np.ndarray calculate(self, np.ndarray membraneHeight):
cdef np.ndarray bendingForces
bendingForces = self.matrixPrefactor * membraneHeight
return bendingForces
Из моего составного класса Python / Cython я вызываю метод класса calculate
, так что в моем составном классе у меня есть следующий (сокращенный) код:
from bendingForcesClass import bendingForcesClass
cdef class membraneClass(object):
def __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)
def calculateForces(self, heightR):
return self.bendingForces.calculate(heightR)
Я обнаружил, что cpdef
делает методы / функции вызываемыми из Python и Cython, что отлично и работает, пока Я не пытаюсь заранее определять тип self.bendingForces
, что, согласно документации (Early Binding For Speed) , необходимо для устранения накладных расходов на вызов функций. Я пробовал следующее, но это не работает:
from bendingForcesClass import bendingForcesClass
from bendingForcesClass cimport bendingForcesClass
cdef class membraneClass(object):
cdef bendingForcesClass bendingForces
def __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)
def calculateForces(self, heightR):
return self.bendingForces.calculate(heightR)
При этом я получаю эту ошибку при попытке собрать мембрануClass.pyx
с помощью Cython:
membraneClass.pyx:18:6: 'bendingForcesClass' is not a type identifier
building 'membraneClass' extension
Обратите внимание, что объявления находятся в двух отдельных файлах, что усложняет задачу.
Итак, как мне это сделать? Я был бы очень благодарен, если бы кто-нибудь мог дать мне указатель, так как я не могу найти никакой информации об этом, помимо приведенной выше ссылки.
С уважением и наилучшими пожеланиями!