Использование самоопределяемого кода Cython из другого кода Cython

В настоящее время я пытаюсь оптимизировать свою программу Python и начал работать с Cython, чтобы уменьшить накладные расходы на вызов функций и, возможно, позже включить оптимизированные функции C-библиотек.

Итак, я столкнулся с первая проблема:

Я использую композицию в моем коде для создания более крупного класса. Пока что я преобразовал один из моих классов Python в Cython (что было достаточно сложно). Вот код:

import numpy as np
cimport numpy as np
ctypedef np.float64_t dtype_t
ctypedef np.complex128_t cplxtype_t
ctypedef Py_ssize_t index_t

cdef class bendingForcesClass(object):
    cdef dtype_t bendingRigidity
    cdef np.ndarray matrixPrefactor
    cdef np.ndarray bendingForces

    def __init__(self, dtype_t bendingRigidity, np.ndarray[dtype_t, ndim=2] waveNumbersNorm):
        self.bendingRigidity = bendingRigidity
        self.matrixPrefactor = -self.bendingRigidity * waveNumbersNorm ** 2

    cpdef np.ndarray calculate(self, np.ndarray membraneHeight):
        cdef np.ndarray bendingForces
        bendingForces = self.matrixPrefactor * membraneHeight
        return bendingForces

Из моего составного класса Python / Cython я вызываю метод класса calculate , так что в моем составном классе у меня есть следующий (сокращенный) код:

from bendingForcesClass import bendingForcesClass

cdef class membraneClass(object):
    def  __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
        self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)

    def calculateForces(self, heightR):
        return self.bendingForces.calculate(heightR)

Я обнаружил, что cpdef делает методы / функции вызываемыми из Python и Cython, что отлично и работает, пока Я не пытаюсь заранее определять тип self.bendingForces , что, согласно документации (Early Binding For Speed) , необходимо для устранения накладных расходов на вызов функций. Я пробовал следующее, но это не работает:

from bendingForcesClass import bendingForcesClass
from bendingForcesClass cimport bendingForcesClass

    cdef class membraneClass(object):
        cdef bendingForcesClass bendingForces

        def  __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
            self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)

        def calculateForces(self, heightR):
            return self.bendingForces.calculate(heightR)

При этом я получаю эту ошибку при попытке собрать мембрануClass.pyx с помощью Cython:

membraneClass.pyx:18:6: 'bendingForcesClass' is not a type identifier
building 'membraneClass' extension

Обратите внимание, что объявления находятся в двух отдельных файлах, что усложняет задачу.

Итак, как мне это сделать? Я был бы очень благодарен, если бы кто-нибудь мог дать мне указатель, так как я не могу найти никакой информации об этом, помимо приведенной выше ссылки.

С уважением и наилучшими пожеланиями!

11
задан jpaugh 26 May 2017 в 14:47
поделиться