Это, безусловно, возможно. Это работает в Chrome, Firefox и IE 11 (и, возможно, другие).
focus();
var listener = window.addEventListener('blur', function() {
if (document.activeElement === document.getElementById('iframe')) {
// clicked
}
window.removeEventListener('blur', listener);
});
Предостережение: это определяет только первый клик. Как я понимаю, это все, что вам нужно.