Как правильно загрузить файл для каждого пользователя в отдельную папку, используя node.js?

Во-первых, Set-ExecutionPolicy Unrestriced используется для каждого пользователя, а базис на битность (32-бит отличается от 64-битного).

Во-вторых, вы можете переопределить политику выполнения из команды line.

psxmlgen = subprocess.Popen([r'C:\WINDOWS\system32\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe',
                             '-ExecutionPolicy',
                             'Unrestricted',
                             './buildxml.ps1',
                             arg1, arg2, arg3], cwd=os.getcwd())
result = psxmlgen.wait()

По-видимому, вы можете получить доступ к 64-битной PowerShell из 32-разрядной PowerShell с помощью этого пути (спасибо @eryksun в комментариях):

powershell64 = os.path.join(os.environ['SystemRoot'], 
    'SysNative' if platform.architecture()[0] == '32bit' else 'System32',
    'WindowsPowerShell', 'v1.0', 'powershell.exe')