Каждый раз после загрузки cscope.out в Vim, я должен изменить "pwd" Vim на тот же каталог, как cscope.out файл находится под, который мог бы произойти из-за этого, cscope используют относительный путь при генерации файла тега. Таким образом, если будет способ вынудить cscope использовать полный путь в своем файле тега - cscope.out, то это будет независимо от того, совпадает ли pwd Вашей сессии Vim с каталогом, под которым находится cscope.out файл.
При импорте cscope.out можно указать префикс, т.е.
:cscope add /path/to/cscope.out /path/to/src/code
Тогда ваши поиски будут выглядеть так:
Cscope Tag: foobar
# line filename / context / line
1 21 /path/to/src/code/foobar_file.c