Используйте:
chooser.setFileSelectionMode(JFileChooser.DIRECTORIES_ONLY);
//or
chooser.setFileSelectionMode(JFileChooser.FILES_AND_DIRECTORIES);
вместе с:
chooser.getCurrentDirectory()
//or
chooser.getSelectedFile();
, затем вызовите getAbsoluteFile()
на возвращаемом объекте File
.