Как я могу изменить значения свойств в файле с помощью Муравья?

Ваш filterchain в порядке, но ваш исходный файл должен выглядеть так:

SERVER_NAME=@SERVER_NAME@
PROFILE_NAME=@PROFILE_NAME@

Этот код (предоставленный вами)

<copy file="${web.dir}/jexamples.css_tpl"
         tofile="${web.dir}/jexamples.css" >
    <filterchain>
       <replacetokens>
            <token key="SERVER_NAME" value="server2"/>
            <token key="PROFILE_NAME" value="profi"/>
        </replacetokens>
    </filterchain>
</copy>

заменяет лексемы и дает вам

SERVER_NAME=server2
PROFILE_NAME=profi

Если вы хотите сохранить ваш исходный файл в том виде, в котором он у вас сейчас, одним из способов будет использование replaceregex:

<filterchain>
  <tokenfilter>
    <replaceregex pattern="^[ \t]*SERVER_NAME[ \t]*=.*$"
                  replace="SERVER_NAME=server2"/>
    <replaceregex pattern="^[ \t]*PROFILE_NAME[ \t]*=.*$"
                  replace="PROFILE_NAME=profi"/>
  </tokenfilter>
</filterchain>

Это заменит все строки, начинающиеся с SERVER_NAME= на SERVER_NAME=server2 (то же самое для PROFILE_NAME=). В результате вы получите описанный вами результат.

[ \t]* - игнорировать пробельные символы.