почему у меня проблемы с разрешением макета

Просто пройдите по маркерам и удалите их из карты, пустые массивы маркеров карт после этого:

var markers = map.markers;
for(var i = 0; i < markers.length; i++) {
    markers[i].setMap(null);
}
map.markers = [];