Как правильно редактировать / удалять элементы из Ansible dict / variable?

Вы не можете редактировать существующий факт, но вы можете установить новый факт, модифицированный, как вы хотите.

---
- hosts: localhost
  gather_facts: no
  tasks:
    - set_fact:
        value:
           delta: '0:00:00.021861'
           end: '2019-01-17 10:16:50.303568'
           start: '2019-01-17 10:16:50.281707'
           stdout_lines: ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G']

    - set_fact:
        new_value: "{{ value.stdout_lines | select('match', '[AE]') | list }}"

    - set_fact:
        value: "{{ value | combine({'stdout_lines': new_value}) }}"

    - debug:
        msg: "{{ value }}"

Здесь мы используем фильтр combine для перезаписи части исходного словаря новым значением.