То, что Вы думаете, является лучшим языком для Биоинформатики? [закрытый]
5 ответов
Скорее всего, вам будет интересна эта ветка на BioStar:
Для большинства из нас, биоинформатиков, это Python, R, Perl и bash утилиты командной строки (например, sed, awk, вырезать, сортировать и т. д.). Есть также люди, которые кодируют на Java, Ruby, C ++ и Matlab.
Так что же в итоге? Какой язык позволяет вам выполнять работу наиболее легко, - это то, что вам нужно. Ответ на этот вопрос должен включать в себя тщательный обзор библиотек и другого кода, из которого вы можете извлечь, а также информацию о ваших предпочтениях и опыте. Если вы проводите анализ микрочипов, трудно превзойти библиотеки R / bioconductor, но это абсолютно неподходящий язык для тех, кто борется с большинством типов больших наборов данных секвенирования.
Не существует единого правильного языка для биоинформатики.
Важный инструмент секвенирования BLAST написан на C ++
Инструмент MATT для выравнивания белковых структур написан на C
Некоторые из моих коллег из вычислительной биологии используют Ruby .
В общем, я вижу много C и C ++ для кода, критичного к производительности, и много языков сценариев в остальном.
Лучший или нет, SAS является де-факто средой программирования в биофармацевтике. Если вы хотите работать в компании Pfizers, Mercks и Bayers в мире биоинформатики, вам лучше владеть SAS. Программисты SAS пользуются большим спросом.
Python + scipy - достойные (и БЕСПЛАТНЫЕ).
http://www.vetta.org/2008/05/scipy-the-embarrassing-way-to-code/
Вам даже не нужно учить новый синтаксис, когда вы бросаете Matlab ради SciPy.
Какой «лучший» язык субъективен и потенциально отличается от задачи к задаче, но для биоинформатической работы я лично использую R, Perl, Delphi и C (довольно часто комбинацию нескольких из эти).