У меня было это сегодня, и в моем случае проблема была очень странной:
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="Microsoft.Owin.Host.SystemWeb" publicKeyToken="31bf3856ad364e35" culture="neutral" />
<bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-3.1.0" newVersion="3.1.0.0" />
</dependentAssembly>0.
Обратите внимание на блуждающих символов в конце XML - так или иначе они были перенесены с номера версии на конец этого блока XML!
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="Microsoft.Owin.Host.SystemWeb" publicKeyToken="31bf3856ad364e35" culture="neutral" />
<bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-3.1.0.0" newVersion="3.1.0.0" />
</dependentAssembly>
Изменен и выше, и вуаля! Все снова работало.