process.env показывает все соответствующие пары ключ-значение, но при попытке доступа к тем, которые я добавил в файлы .env, возвращается неопределенное

На всякий случай, если вы используете примеры из ответов здесь и получаете «Обновлено 0 существующих записей» при запуске скрипта замены, проверьте, подключен ли ваш клиент к основному узлу MongoDB, который позволяет хранить / записывать изменения.