scandir / opendir не будет работать с ssh2.sftp?

У вас есть столбец InvoiceID в таблице Invoices, а также в таблице InvoiceLineItems. Механизм выполнения запроса не знает, какой из них вы хотите вернуть.

Добавление псевдонима таблицы поможет:

SELECT V.VendorName, I.InvoiceID, IL.InvoiceSequence, IL.InvoiceLineItemAmount
FROM Vendors V
JOIN Invoices I ON (...)
JOIN InvoiceLineItems IL ON (...)
WHERE ...
ORDER BY V.VendorName, I.InvoiceID, IL.InvoiceSequence, IL.InvoiceLineItemAmount