Вы должны получить длину файла для добавления в JS, а затем отправить его по запросу AJAX, как показано ниже
//JavaScript
var ins = document.getElementById('fileToUpload').files.length;
for (var x = 0; x < ins; x++) {
fd.append("fileToUpload[]", document.getElementById('fileToUpload').files[x]);
}
//PHP
$count = count($_FILES['fileToUpload']['name']);
for ($i = 0; $i < $count; $i++) {
echo 'Name: '.$_FILES['fileToUpload']['name'][$i].'<br/>';
}