Хотя лучшим решением был бы уровень абстракции, предложенный другими ответами, вы можете переопределить существующие функции PHP своими собственными версиями с помощью расширения PECL Runkit

Что-то вроде:

runkit_function_rename ( 'mysql_query', 'mysql_query_old' );
function mysql_query ( $query , $link_identifier=null ) {
   // modify $query here for UPDATE/DELETE statement and any WHERE clause, etc
   $newQuery = modifyQuery($query);

   if (is_null($link_identifier)) {
      $result = mysql_query_old ( $newQuery);
   } else {
      $result = mysql_query_old ( $newQuery, $link_identifier);
   }
   // modify $result here for returned data from any SELECT statement
   return modifyResult($result);
}

Примечание. По умолчанию только пользовательское пространство. функции могут быть удалены, переименованы или изменен. Чтобы отменить внутренние функции, необходимо включить настройка runkit.internal_override в php.ini.

Я бы не рекомендовал это решение. Несколько лет назад мне пришлось сделать нечто подобное в java, где было намного проще расширить jdbc; но хотя синтаксический анализ SQL-запросов достаточно сложен, он становится еще сложнее, если в ваших запросах используются переменные связывания. Остерегайтесь сбежавших струн! Следите за любым использованием связанных функций, таких как mysql_db_query, на всякий случай, если они используются вместе с mysql_query в приложении!

Приносим извинения за неустойчивый набор текста. Моя жена несколько раз подключалась к нашему маршрутизатору, пока я писал это предложение

Вы можете шифровать на уровне файловой системы, и пусть этим занимается ОС. Если вы хотите сделать это на уровне PHP, расширьте, не перезаписывайте.

function mysqle_query() {
  // Do some stuff
  // like replace fieldnames with AES_ENCRYPT(fieldname) on insert and delete
  // and replace fieldnames with AES_DECRYPT(fieldname) on select
  mysql_query();
}

Я думаю, что одним из способов автоматической обработки этого может быть изучение MySQL proxy

и реализация шифрования через него. Я играл с ним 2 или около того лет назад, когда он был на очень ранней стадии, и, насколько я помню, он мог перехватывать запросы и делать с ними "всякие штуки" :) Никаких изменений в коде, по сути, не требуется. Надеюсь, это поможет.