альтернативный метод:
R> library(igraph)
R> DF
id1 id2 size
1 5400 5505 7
2 5033 5458 1
3 5452 2873 24
4 5452 5213 2
5 5452 4242 26
6 4823 4823 4
7 5505 5400 11
R> g <- graph.data.frame(DF, directed=F)
R> g <- simplify(g, edge.attr.comb="sum", remove.loops=FALSE)
R> DF <- get.data.frame(g)
R> DF
id1 id2 size
1 5400 5505 18
2 5033 5458 1
3 5452 2873 24
4 5452 5213 2
5 5452 4242 26
6 4823 4823 4