JavaScript visualization application - code organization, backbone mvc, desktop version etc

I'm setting out to develop a JavaScript web application for visualization, featuring bookmarking of various graphs with annotations etc.
A typical example would be: Given a url state, show two SVG graphs and a time slider for manipulation together with some informative annotations placed out here and there.

Traditionally (and not having written JS for some time), I'd try some sort of modular JS approach:

src   
   data
   chart
       chartType1
       chartType2
       chartType3
   layoutManager
   stateManager
   utils
lib
   d3?
   backbone?
   jquery?

... breaking out the data handling, some utility functions, state & layout manager etc.

But with a plethora of libraries out there, perhaps I should hold my horses and try a new approach?

Code organization?
- Like above or more MVC like?
- Any specific patterns that would be helpful?
(очень приветствуется псевдокод)

Обработка состояний / Модели?
- Backbone.js
- JavaScriptMVC

Views?
- Есть ли хорошие примеры JS-приложений, использующих библиотеки SVG (D3, Raphaël и т. Д.) Вместе с фреймворком mvc?

Компилятор / минификатор?
- Google Closure Compiler
- Jammit

IDE?
- Aptana Studio 3
- Netbeans
- Другое?

Версия для ПК? (критерии: хранение данных, возможность обновления и т. Д.)
- AIR
- Встроенный хром
- XULrunner
- Титановый аппселератор
- другие варианты?

Мне жаль, что объем этого вопроса довольно широк, но я буду считать его ответом, если будет получено понимание какой-либо из этих областей. Пожалуйста, помогите мне выбрать ...