У меня много проектов, работающих в ubuntu с python2.7 и virtualenv / virtualenvwrapper, 'manage.py'. Похоже, вы настроили вещи. Вам придется бежать django-admin.py, передав ему свой модуль настроек. (Если файл settings.py действительно существует, он каким-то образом вызывает ошибку ImportError.)
Но очевидно, что файл настроек существует и находится в той же папке, что и файл manage.py, и работает не только для меня ...
То же самое происходит с django и appengine