Навигатор Anaconda не запускается после стандартной установки на Linux Mint

Кажется, os.path.abspath(finename) будет работать. Попробуйте

shpfiles = []
for path, subdirs, files in os.walk(path):
    for x in files:
        if x.endswith(".shp") == True:
            shpfiles.append(os.path.join(path, x))