Для пользователей Intellij моя проблема заключалась в том, что каталог, в котором были мои файлы fxml (src / main / resources), не был помечен как каталог «Ресурсы».
Откройте настройки модуля / проекта, перейдите на вкладку источников и убедитесь, что Intellij знает, что каталог содержит файлы ресурсов проекта.