Я попробовал быструю и простую вещь:
У меня есть два пакета -> app.gui
и app.login
. В моем классе входа я использую mainview.fxml
из app.gui
, поэтому я сделал это в login.fxml
FXMLLoader fxmlLoader = new FXMLLoader(getClass().getResource("../gui/MainView.fxml"));
И он работает:)