Ошибка самозаверяющего сертификата при развертывании без сервера

Ответ, приведенный CsPeitch и другими, находится на правильном пути. Просто убедитесь, что файл fxml копируется в целевую точку вывода класса, или среда выполнения не увидит его. Проверьте созданный каталог файлов классов и посмотрите, есть ли файл fxml