Скрипт Python застревает между ними без следа

Tkinter должен иметь корневое окно. Если вы его не создадите, вы будете созданы для вас. Если вы не хотите этого корневого окна, создайте его, а затем спрячьте его:

import Tkinter as tk
root = tk.Tk()
root.withdraw()
tkMessageBox.showinfo("Say Hello", "Hello World")

Другой ваш выбор - not использовать tkMessageBox, но вместо этого поместите свое сообщение в корневое окно. Преимущество такого подхода заключается в том, что вы можете заставить окно выглядеть так, как вы хотите, чтобы он выглядел.

import Tkinter as tk
root = tk.Tk()
root.title("Say Hello")
label = tk.Label(root, text="Hello World")
label.pack(side="top", fill="both", expand=True, padx=20, pady=20)
button = tk.Button(root, text="OK", command=lambda: root.destroy())
button.pack(side="bottom", fill="none", expand=True)
root.mainloop()

(лично я бы выбрал более объектно-ориентированный подход, но я пытаюсь сохранить маленький код для этого примера)