Образ докера и хост несовместимы

Я был вдохновлен ответом Святослава Павленко: использование блокирующих MPI-коммуникаций для обеспечения последовательного вывода. В то время как Уэсли Блэнд указывает, что MPI не будет построен для последовательного выхода. Поэтому, если мы хотим выводить данные, имеет смысл либо иметь каждый выходной процессор (не сталкивающийся). В качестве альтернативы, если порядок данных важен (и он не слишком большой), рекомендуемый подход заключается в том, чтобы отправить все это на процессор (скажем, ранг 0), который затем правильно форматирует данные.

Мне , это, кажется, немного перебор, особенно когда данные могут быть строками переменной длины, что слишком часто является тем, что std::cout << "a=" << some_varible << " b=" << some_other_variable часто. Поэтому, если мы хотим получить скорую и грязную печать в порядке, мы можем использовать ответ Святослав Павленко для создания потока последовательного вывода. Это решение работает отлично, но его производительность сильно ухудшается со многими процессорами, поэтому не используйте его для вывода данных!

#include <iostream>
#include <sstream>
#include <mpi.h>

MPI Удержание:

int mpi_size;
int mpi_rank;

void init_mpi(int argc, char * argv[]) {
    MPI_Init(& argc, & argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, & mpi_size);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, & mpi_rank);
}

void finalize_mpi() {
    MPI_Finalize();
}

Общее класс -purpose, который позволяет цепочку сообщений MPI

template<class T, MPI_Datatype MPI_T> class MPIChain{
    // Uses a chained MPI message (T) to coordinate serial execution of code (the content of the message is irrelevant).
    private:
        T message_out; // The messages aren't really used here
        T message_in;
        int size;
        int rank;

    public:
        void next(){
            // Send message to next core (if there is one)
            if(rank + 1 < size) {
            // MPI_Send - Performs a standard-mode blocking send.
            MPI_Send(& message_out, 1, MPI_T, rank + 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
            }
        }

        void wait(int & msg_count) {
            // Waits for message to arrive. Message is well-formed if msg_count = 1
            MPI_Status status;

            // MPI_Probe - Blocking test for a message.
            MPI_Probe(MPI_ANY_SOURCE, 0, MPI_COMM_WORLD, & status);
            // MPI_Get_count - Gets the number of top level elements.
            MPI_Get_count(& status, MPI_T, & msg_count);

            if(msg_count == 1) {
                // MPI_Recv - Performs a standard-mode blocking receive.
                MPI_Recv(& message_in, msg_count, MPI_T, MPI_ANY_SOURCE, 0, MPI_COMM_WORLD, & status);
            }
        }

        MPIChain(T message_init, int c_rank, int c_size): message_out(message_init), size(c_size), rank(c_rank) {}

        int get_rank() const { return rank;}
        int get_size() const { return size;}
};

Теперь мы можем использовать наш класс MPIChain для создания нашего класса, который управляет потоком вывода:

class ChainStream : public MPIChain<int, MPI_INT> {
    // Uses the MPIChain class to implement a ostream with a serial operator<< implementation.
    private:
        std::ostream & s_out;

    public:
        ChainStream(std::ostream & os, int c_rank, int c_size)
            : MPIChain<int, MPI_INT>(0, c_rank, c_size), s_out(os) {};

        ChainStream & operator<<(const std::string & os){
            if(this->get_rank() == 0) {
                this->s_out << os;
                // Initiate chain of MPI messages
                this->next();
            } else {
                int msg_count;
                // Wait untill a message arrives (MPIChain::wait uses a blocking test)
                this->wait(msg_count);
                if(msg_count == 1) {
                    // If the message is well-formed (i.e. only one message is recieved): output string
                    this->s_out << os;
                    // Pass onto the next member of the chain (if there is one)
                    this->next();
                }
            }

            // Ensure that the chain is resolved before returning the stream
            MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

            // Don't output the ostream! That would break the serial-in-time exuction.
            return *this;
       };
};

Обратите внимание на MPI_Barrier в конце operator<<. Это делается для того, чтобы код не начинал вторую цепочку вывода. Несмотря на то, что это можно было бы перемещать за пределы operator<<, я решил, что я бы поставил его здесь, так как это все равно предполагается серийным выходом ....

Объединяя все это:

int main(int argc, char * argv[]) {
    init_mpi(argc, argv);

    ChainStream cs(std::cout, mpi_rank, mpi_size);

    std::stringstream str_1, str_2, str_3;
    str_1 << "FIRST:  " << "MPI_SIZE = " << mpi_size << " RANK = " << mpi_rank << std::endl;
    str_2 << "SECOND: " << "MPI_SIZE = " << mpi_size << " RANK = " << mpi_rank << std::endl;
    str_3 << "THIRD:  " << "MPI_SIZE = " << mpi_size << " RANK = " << mpi_rank << std::endl;

    cs << str_1.str() << str_2.str() << str_3.str();
    // Equivalent to:
    //cs << str_1.str();
    //cs << str_2.str();
    //cs << str_3.str();

    finalize_mpi();
}

Обратите внимание, что мы конкатенируем строки str_1, str_2, str_3 перед , мы отправляем им экземпляр ChainStream. Обычно можно было бы сделать что-то вроде:

std::cout << "a" << "b" << "c"" << std::endl

, но это применимо operator<< слева направо, и мы хотим, чтобы строки были готовы к выходу перед последовательным запуском через каждый процесс.

g++-7 -O3 -lmpi serial_io_obj.cpp -o serial_io_obj
mpirun -n 10 ./serial_io_obj

Выходы:

FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 0
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 1
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 2
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 3
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 4
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 5
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 6
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 7
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 8
FIRST:  MPI_SIZE = 10 RANK = 9
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 0
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 1
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 2
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 3
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 4
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 5
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 6
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 7
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 8
SECOND: MPI_SIZE = 10 RANK = 9
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 0
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 1
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 2
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 3
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 4
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 5
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 6
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 7
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 8
THIRD:  MPI_SIZE = 10 RANK = 9