Максимальный размер циклического графа с условными ребрами

Вы можете передать копию своего списка, используя нотацию фрагмента:

print plusOne(y[:]), y

Или лучшим способом было бы создать копию списка в самой функции, чтобы вызывающий должны беспокоиться о возможной модификации:

def plusOne(y):
    y_copy = y[:]

и работать с y_copy.

Или, как указано в комментариях @abarnet, вы можете изменить чтобы использовать list comprehension, который создаст новый список:

return [x + 1 for x in y]