Используйте call для продолжения выполнения первого файла, например:
echo batch controller
call batch1.bat
call batch2.bat
echo batch controller running again
Они будут выполняться последовательно, естественно, если только первый из них не порождает процессы без ожидания. Смотрите START /WAIT для способа запустить процесс в командной строке, но дождаться его завершения, прежде чем продолжить.