Получаю неожиданность в opencv 3.4.3

Лучшим документированным и, возможно, более интуитивным решением было бы просто использовать coord_cartesian:

ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) +
         geom_point() +
         geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) +
         scale_x_discrete(name="Disciplines") +
         coord_cartesian(ylim = c(-1,1))