Создайте блок-схему, программно [закрытую]

Это не более бесплатно, чем System.Drawing ...

Серьезно, учитывая ваши требования, я не уверен, что вам нужен фреймворк или библиотека. Самая сложная часть описываемой вами системы - это проведение границ между компонентами. Если это не требует особого воображения (автоматическая компоновка, определение того, где линии перекрывают другие линии / блоки), вы, вероятно, можете свернуть все это на заказ.

Я бы попытался разместить в приложении дизайнера VS studio, например, как разместить дизайнер рабочего процесса. Прочтите о расширениях VS