Вы можете использовать JSFL
, чтобы написать сценарий для Flash IDE и указать ей скомпилировать FLA в SWF. Вот несколько примеров.
http://labs.flexperiments.nl/compiling-flash-files-from-flex/
http://www.gskinner.com/blog/archives/2004/08/jsfl_fla_batch.html
И вот утилита для упрощения:
http://www.mikechambers.com/blog/2003/11/01/flashcommand-flash-2004-command-line-compiler/
Не существует способа компиляции FLA файлов в SWF файлы через командную строку.