Мой JS не манипулирует элементами HTML

Это означает, что Python.h отсутствует в ваших путях включения по умолчанию вашего компилятора. Установили ли вы его как в системе, так и локально? Какова ваша ОС?

Вы можете использовать флаг -I<path>, чтобы указать дополнительный каталог, в котором ваш компилятор должен искать заголовки. Вам, вероятно, придется следить за -L<path>, чтобы gcc мог найти библиотеку, с которой вы будете связываться, используя -l<name>.