Измените счетчик на строку, если дубликаты существуют, без внесения изменений в не дубликаты

Нет, другого пути нет. Два запроса - один для подсчета - один с лимитом. Или вам нужно использовать другую базу данных. Apache Solr, например, работает так, как вы хотите. Каждый запрос там ограничен и возвращает totalCount.