Matplotlib и Gnuplot.py - популярные варианты. Я использовал оба.
Это зависит от типа графика, который вам нужен в большинстве случаев я использую matplotlib, но иногда pydot подходит. Существуют различные алгоритмы компоновки. хорошо для меня, когда я имею дело с огромными графами
Я использую matplotlib уже около 3 лет для построения экспериментальных данных. Раньше я использовал Excel, и это было просто больно. С тех пор я доволен matplotlib. Это здорово и очень мощно.
Для клиентских диаграмм Откройте Flash Chart или Google Charts Tools .