Как выбрать несколько флажков с помощью тегов ясности проекта

Поскольку vertical-align установлен по умолчанию исходной .

Используйте это вместо:

.small{
    display: inline-block;
    width: 40%;
    height: 30%;
    border: 1px black solid;
    background: aliceblue;   
    vertical-align:top;
}

http: // jsfiddle.net/Lighty_46/RHM5L/9/

Или, как @ f00644 , вы можете применить float к дочерним элементам.