Разбить массив на два массива через их типы

Вы можете добавить ограничение с атрибутом unique. Это также добавит «уникальный» индекс для поля в вашу коллекцию:

var userSchema = mongoose.Schema({
    username: { type: String, unique: true },
    email: String,
    password: String,
    _todo: [{ type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Todo'}]
});