Разрыв одного проекта во вложенные папки не является рекомендуемым способом структурирования проекта go, поэтому в принципе нет хорошего способа сделать то, что вы хотите.
Если проект на самом деле большой и слишком громоздкий, чтобы сделать один пакет, подумайте о его разбиении на несколько совершенно разных пакетов, а не на специальные пакеты подкаталогов. Это имеет то преимущество, что заставляет вас думать о ваших внутренних API.