Там кто-либо программирует библиотеки, доступные, который проанализирует документ HTML, выполнить JavaScript и затем позволить мне перемещаться по DOM? Это должно быть выполненной стороной сервера, не стороной клиента. Любой язык сделает, но Java, PHP или Ruby предпочтены.
на яве: http://lobobrowser.org/cobra/java-html-parser.jsp
это парсер HTML с поддержкой JavaScript и CSS.
наиболее важная особенность по отношению к вашему вопросу: Это Яваскрипт. Модификации флэш-памяти, которые происходят во время разбора, будут отражены в результирующем флэш-памяти.
Java имеет поддержку JavaScript с Rhino, также посмотрите на эту страницу для серверов Side JavaScript Solutions: http://en.wikipedia.org/wiki/server-see_javascript
PHP имеет Domdocument для навигации на DOM. Я не слышал о том, чтобы выполнить JavaScript.
Начните с этого поста и следуйте ссылкам. Или просто поиск носорога.