Быстрое исправление: по умолчанию @ строка 1394 добавьте новую опцию allowDeselection
var defaults = $.fn.datepicker.defaults = {
allowDeselection: false,
...
};
В функции _toggle_multidate @ line 1015 измените оператор "else if (ix !== -1)"
на:
else if (ix !== -1 && this.o.allowDeselection){
this.dates.remove(ix);
}
Ссылка: https://github.com/eternicode/bootstrap-datepicker/issues/816