Fat-Free всегда является корневым пространством имен "\". (следующее может быть неправильным). Поскольку F3 загружает ваши классы через автозагрузчик, вам всегда нужно добавить корневое пространство имен в свои собственные пространства имен. В этом случае вы должны изменить его на
namespace \Src\Controllers;
. И, конечно же, вы должны изменить его и в ваших маршрутах.
GET /=\Src\Controllers\Index->index
Чтобы помочь вам найти эти проблемы в будущем вы можете увеличить значение DEBUG с помощью
$f3->set('DEBUG', 2); // 0-3; 0=off, 3=way too much information