Синтаксический анализатор PDF API в [закрытом] Java

Есть библиотека под названием IText, которая делает то, что вы хотите. Это своего рода продукт №1, и он бесплатный, как пиво.

Я работал с IText раньше, извлекая содержимое из PDF, и хотя он не является супер-пупер автоматическим, он позволяет вам получить все.

Рекомендую, другими словами.