Попробуйте приложение с открытым исходным кодом pdftohtml. Оно должно подойти для ваших нужд, поскольку вы можете использовать C# для автоматизации конвертации после загрузки этого небольшого консольного приложения.
Вы можете использовать Aspose.Words api для преобразования pdf в doc, а затем в HTML.